Avec la victoire de Jules César, le Sundgau passa sous la domination romaine. Une voie romaine,celle de Vesontio (Besançon) à Augusta Rauracorum (Augst en Suisse), passait sur le ban de Steinsoultz, à proximité du Windenhof. Une station se trouvait à Willer. Il y avait aussi le « Postweg », cette route venant de Bâle en direction de Belfort, également appelée « Alte Strasse » qui suit les crètes au-dessus de Steinsoultz à la manière des routes romaines.
Steinsoultz faisait partie du comté de Ferrette jusqu'à la Révolution. Avec Roppentzwiller et Waldighoffen elle formait la Mairie de Grentzingen. Les couvents St-Léonard et Klingental de Bâle et les nobles d'Eptingen y avaient des propriétés. En 1412, Jean de Flachslanden, alors en possession du château de Durmenach, agrandit ses biens en achetant des droits de dâme Steinsoultz.
Le quartier actuel « Gersbach » était un petit village autonome et s'appelait GEROLTZBACH en 1327. D'après les histoires, il s'y trouvait jadis un château dont les restes n'auraient disparu qu'au 18e siècle. Selon l'urbaire de la ville et seigneurie de Ferrette de 1592, Steinsoultz comptait 19 habitants. Le village fut durement éprouvé par les excès des mercenaires suédois lors de la guerre de Trente Ans ce qui explique qu'un des leurs se trouvaità la tête des paysans révoltés qui massacraient les suédois dans le château d'Altkirch. C'était en février 1633, que Gallus Hemmerlin de Steinsoultz mit le feu à la porte du château. Nombreux de ses collègues furent tués par les troupes du colonel suédois Sébastien de Harpf près de Blotzheim, de Huningue et à Landser. Le passage des troupes autrichiennes aggravait encore le sort de la population déjà décimée. Le village avait été mis Ãà sac par les capitaines de cavaleries PISSINGER et STEIB en 1636. Toute la récolte en céréales fut emportée par l'armée de GALLAS. La misère était indescriptible, les habitants fuyaient dans les bois et se nourrissaient de racines.
Comme dans d'autres communes du Sundgau, Steinsoultz reçut une forte immigration suisse à la fin du 17e siècle et au début du 18e siècle.
Après la Révolution, la commune fit partie, pendant quelques années, du canton de Ferrette.
Pendant la première guerre mondiale fut construite la voie ferrée Saint- Louis - Waldighoffen. Steinsoultz disposait d'une gare, malheureusement la ligne fut délaissée après la deuxème guerre mondiale (ouverte à l'exploitation le 11.3.1920, fermée au trafic voyageurs dès le 28.3.1955 et au trafic marchandises en 1957, décision ministérielle du 6.6.1957). La population ne fut pas évacuée.
La commune paya un lourd tribut à la guerre de 1914-18 : 19 soldats morts sur les champs de bataille.
Guerre 1939-45 :
- 1939: mobilisation de 70 hommes, 1 400 soldats cantonnés dans la localité pendant 3 mois, on envisagea l'évacuation des habitants.
- 17.6.1940: l'armée française fit sauter les trois ponts.
- 1940: bombardements allemands, dégâts importants.
- 1943: 25 personnes exilées en Allemagne; 10 jeunes réfugiés en Suisse et en France.
- 19-20.11.1944: arrivée de la Première Armée Française.
- 1945: accueil de 37 réfugiés de Wittelsheim.
13 soldats tombèrent au cours de cette guerre, 5 furent portés disparus, 1 habitant fut torturé à mort.
La commune éleva un monument aux morts, œuvre du sculpteur Saur, inauguré le 6.9 .1959
